故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复(fù )活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人(rén )罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊(shān )的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗(suì )不理真司(sī )的阻止，仍多次与浅(qiǎn )仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗(suì )，并以(yǐ )强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功(gōng )杀死浅仓。由於美穗(suì )以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和(hé )美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美(měi )穗被真司所救，但最後因伤重而死…。　　另一方面取回小时候(hòu )的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的(de )目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神(shén )崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候(hòu )间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的(de )真司出现(xiàn )，并欺骗真司说和他合体(tǐ )可拯救优衣，合(hé )体後的(de )龇(zī )牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。　　得悉优衣已(yǐ )死的神崎士郎受(shòu )不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现(xiàn )实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优(yōu )衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中(zhōng )分裂出来，并和龙牙作宿命决战。　　最後真司和莲(lián )变(biàn )身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成(chéng )千上万的蜻蜓怪(guài )，与它们作最後决战，走向未知的未来…。